上传测序数据到GEO数据库

AUTHOR：余顺太

DATE：2021年10月1日

注：Filezilla软件的设置一定要根据下图重新设置，不然可能会一直中断

具体数据传输方法如下图所示：

FileZilla软件，将左侧相对应信息填入到FileZilla中，然后将需要上传的文件直接拉入到红星号的文件夹中。

全部传输结束之后对比文件大小，提交

等待邮件通知是否上传成功。

20210106 14:24

参考的教程：

Submitting high-throughput sequence data to GEO

How to upload files to GEO

以及我师兄给我写的教程

大致的流程从网站上截取下来的

准备的数据有三个

There are three required components for the spreadsheet-based submission method:

数据准备完之后就是需要上传这些数据到GEO ftp 上，这个过程比较麻烦，GEO 的服务器真的是不太好用，速度很慢。

有几个方案可以选择：

这个方法缺点在于文件会中断，你每次中断之后需要续传真的很麻烦，而且有时候会出现

读取目录失败 连接被服务器关闭等问题 第一次登陆时也出现这个问题真的是百度了很久没有解决 后来到官网一看 原来人家早已经想到这个问题了真的是血的教训要好好看官网教程

但是后来还是会时常连接中断 感觉是geo ftp 不太稳定

大致是会出现这个问题 之后按他们说的方法就可以解决问题了

我用FileZilla传完数据，但是不知道是不是因为续传的原因只有一个数据是完整的 其他数据geo 工作者说是corrupted 然后我看了geo 服务器上的数据和本地服务器上的数据是一样的 并不知道为什么他们说不一样 难过

1Using 'lftp'

2Using 'sftp' (expect slower transfer speeds since this method encrypts on-the-fly)

3Using 'ncftpput' (transfers from the command-line without entering an interactive shell)

这个方法是可以挂在后台跑的就是挂在自己服务器上跑 让它自己慢慢传就是速度真的很慢啊 最后一个还是比较方便一点

在NCBI的GEO数据库中，系列（series）中matrix目录下的GSExxx_series_matrixtxtgz文件，其中的数据是什么含义。是不是别人已经标准化好的数据（而且是log2处理过的），我可以用来直接求倍数然后看表达差异

GSExxx_series_matrixtxtgz数据格式和楼主的数据截图类似，差别在于列标题，楼主的列标题是GSMxxxxxxCEL,而从GEO下载的GSExxx_series_matrixtxtgz的数据，列标题是GSMxxxxxx，无“CEL”。

ID_REF GSM413894 GSM413895 GSM413896 GSM413897 GSM413898 GSM413899 GSM413900 GSM413901

AFFX-BioB-3_at 8472861 758379 7726437 7808923 8604332 860782 8343771 8628157

AFFX-BioB-5_at 865537 7696443 7996466 7719412 8770542 8652599 8404749 8911979

AFFX-BioB-M_at 8813823 7890245 8127718 8306655 9011187 891993 8566244 906862

AFFX-BioC-3_at 9633732 9024885 9136383 9120244 102995 1015661 1000954 1025113

AFFX-BioC-5_at 9756588 9118516 9137075 9544678 9945514 9793713 9544567 9861975

AFFX-BioDn-3_at 120726 1167344 1162215 119874 1216764 1197144 1181811 120963

可以精准定位和提供广告投放效果。

1、精准定位用户：通过对用户的IP地址进行定位，可以快速获得用户所在的地理位置信息，帮助网站管理者了解访问者的地理分布情况，以便更好地进行地域定向的推广和服务。

2、提高广告投放效果：借助Geolite2数据库，广告商可以根据用户所在的地理位置投放相关的广告，例如当用户访问网站时，可以针对其所在地区提供本地化的广告信息，从而提高广告投放的精准度和效果。

3、加强安全防护：Geolite2数据库还可以被用于安全领域中，例如可以检测出恶意软件攻击的来源地，并制定相应的安全策略和防护措施，提升服务器和网络等设备的安全性能。

以上就是关于上传测序数据到GEO数据库全部的内容，包括:上传测序数据到GEO数据库、上传数据到GEO数据库获得GEO号、如何使用geo数据库分析基因表达与预后的关系等相关内容解答，如果想了解更多相关内容，可以关注我们，你们的支持是我们更新的动力！