如何预测和鉴定miRNA的靶基因

用一些预测软件，例如TargetScan、miRDB等。

可以同时使用几个软件预测，挑选出重叠的靶标，进行靶标验证。一般预测的靶标都是3'UTR区有结合位点，因此通常使用双荧光素酶报告实验来证明是否真的是直接靶标。然后通过mimics、inhibitor处理，发现靶标确实发生了相应的变化则证明为直接靶标。

1 Pathway功能分析及显著性判断

对差异表达基因进行Pathway功能分析，并计算Pvalue进行显著性判断，Pvalue越小，表明该pathway变化越显著，并可对每条Pathway通路图进行展示，同时在相应的位置标注差异表达基因。

2 Pathway中基因相关性分析

根据每两个基因共出现在同一pathway中的次数统计，绘制基因共相关点线图，进而得到不同pathway上基因的关联情况。在分析工具上点击“cell differentiation”，在“Term Information”中描述了细胞分化术语的基本信息，包括树形及与父结点、子节点关系。

对于未知基因名的序列，可以用序列直接检索GO数据库。点击AmiGO首页上方的“BLAST”，进入检索界面。在检索框输入氨基酸或核酸序列或上传序列文件，检索工具能自动识别并相应地选择BLASTP或BLASTX来与数据库中的序列进行比对。以大肠杆菌DNA聚合酶Ⅱ基因polB为例，“High Scoring Gene Products”栏内显示基因产物的名称、物种信息、p值。

mirbase数据库不能用提交人姓名方式检索。根据查询到的公开信息显示mirbase数据库的检索方式有miRNAID检索、以GeneSymbol进行检索、以keggpathway通路进行检索、验证miRNA和靶基因相互作用的手段进行检索。不包括提交人姓名方式检索，mirbase数据库，数据管理不再仅仅是存储和管理数据，而转变成用户所需要的各种数据管理的方式。

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