kegg数据库和geo数据库区别

GEO筛选差异，KOBAS注释分析。

GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析

利用基因在不同物种之间的保守性，任何基因组的数据都可以映射到这些数据库中去。

1．打KEGG数据库首页链接：所示：

点击KEGG PATHWAY字链接见界面：

直往看发现KEGG数据针pathway做类主要包含Metabolism、Genetic Information Processing、Environmental Information Processing、Cellular Process、Organismal Systems、Human Diseases、Drug Development七向并针每向更细致类例Metabolism包含Carbohydratemetabolism、Energy metabolism、Lipid metabolism等各位看官根据您研究向或兴趣通路选择具体pathway进行查看

2．假我关注Carbohydrate metabolismPentose phosphate pathway点击获界面：

其面Reference pathway表示我目前查看通路所物种通用pathway面段文字pathway介绍再面网络图显示pathway具体信息

其带Pentosephosphate pathway字框点击发现通路其信息介绍同看通路ID（map00030）用map+数字组ID表示所物种通用通路ID某特定物种ID该物种3字母简写名字+数字组例hsa00030网络图框表示参与反应酶例11147酶ECnumber际酶委员赋予编号

圆圈表示化反应化合物例beta-D-Glucose（C00221）箭代表反应向虚线表示反应通间产物或其途径发联系椭圆表示与通路相关另pathway您想要关注humanPentose phosphate pathwayReference pathway处进行选择点击Go即

候您发现第行显示与选择物种定区别标记human信息同点击网络图带Pentose phosphate pathway框面human通路信息包含human该通路pathway ID（hsa00030）介绍

网络图本身变化部框浅绿色其变其浅绿色框类含酶例31117鼠标放面相关信息显示白色框酶类含鼠标放面任何信息显示

浅绿色框详细信息例点击31117获界面Entry该酶KEGG数据库IDGene name酶简化名Difinition酶通用名字EC numberKOKEGG数据库该酶同源序列号Pathway罗列该酶参与通路除外显示其信息例编码该酶三级结构（Structure）、基序列（NT seq）氨基酸序列（AA seq）等信息

注意哦图右角Help字您页面信息清楚点击Help页面每项都相应详细介绍

您知道自关注通路ID直接第步基础直接搜索获特定物种通路信息例面humanPentosephosphate pathwayIDhsa00030我直接用ID进行搜索具体 *** 作步骤1第二幅图填入ID号选择物种has点击Go即页面：

现页面点击hsa00030通路即

可以。

我们可以利用KEGG数据库中的KEGGMapper工具查询多个基因信号通路。根据基因表达差异列表，利用KEGGMapper进行转换。

首先，我们将需要查询的基因名称在Uniprot网址上进行ID转换（见前一篇文章），形成的Excel文件中Entry那一栏就是我们查询到的基因UniprotID了。

根据表达差异，将含UniprotID和Expression对应，值得注意的是部分基因查询不到对应的Uniprot，或者一个基因对应多个Uniprot，根据自己的内容选择对应的。可以设置颜色对表达上调或下调进行颜色区分，在Entry一栏旁设置一栏color，我们可以上调设置为“red”,下调设置为“blue”。（颜色必须用英文小写字母，大写不能识别）。然后将Entry 和color两栏复制，输入“Enterobjectsoneperlinefollowedbybgcolor,fgcolor”,点击“Exec”。

根据查询结果，选择你需要的结果。我们选择第一个，TGF-beta信号通路（human）。这样我们很清晰的看到我们查询的基因在TGF-Beta信号通路中位置和关联。并且通过颜色即可识别该基因上调还是下调。

以上就是关于kegg数据库和geo数据库区别全部的内容，包括:kegg数据库和geo数据库区别、怎么获得化合物的kegg compound号、信号通路都会在kegg查到吗等相关内容解答，如果想了解更多相关内容，可以关注我们，你们的支持是我们更新的动力！