打开google 首页，搜索VecScreen，进入VecScreen首页，复制序列，运行，View report。
二、结果：
输出序列长度918bp，
载体序列的区域456bp——854bp.
克隆载体：M13mp18 phage，pGEM-13Zf(+)，pBR322，pRKW2。
2、使用相应工具，分析下列未知序列的重复序列情况，输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence。
一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的。
进入google首页，搜索RepeatMasker，进入RepeatMasker主页，进入RepeatMasking，复制序列，DNA source选择human，运行！点击超链接，在结果中选择
Annotation File ：RM2sequpload_1287631711.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值。一、步骤：
进入google首页，搜索CpGPlot，进入CpGPlot主页，program中选择cpgreport复制序列，运行！
二、结果：
CpG岛的长度：385bp
区域：48——432；
GC数量：Sum C+G=297，百分数=77.14
Obs/Exp：1.01
4、预测下面序列的启动子，输出可能的启动子序列及相应的位置。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的
进入google首页，搜索Neural Network Promoter Prediction，进入主页，复制序列，选择eukaryote，运行！
二、结果：
位置：711—761 ，1388—1438，1755—1805；
5、运用Splice Site Prediction工具分析下面序列，分别输出内含子－外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的
进入google首页，搜索Splice Site Prediction，进入主页，复制序列。Organism选择Human or other。其他默认，运行！
二、结果：
供体：
受体：
6、对下面序列进行六框翻译，利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的，输出六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 两个部分)。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是Zea的
进入google首页；搜索NCBI，进入主页，选择all resources（A~Z），选择O，选择ORF finder。复制序列，默认，运行！
二、结果：ORF图
三、步骤：进入google首页，搜索GENESCAN，进入主页，Organism:Maize， ，其他默认，运行！
四、结果：
G7、进入REBASE限制性内切酶数据库，输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的Recognition Sequence和Type。
一、步骤：进入google首页，google in English，搜索REBASE，进入主页， 分别输入AluI、MboI、EcoI，运行！
在MboI中选择第一个，EcoI选择第二个。
二、结果：
ENSCAN图
8、使用引物设计工具，针对下列未知序列设计一对引物，要求引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃。请写出选择的一对引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度。一、步骤：进入google首页，搜索genefisher，进入主页，复制fasta格式，chechk input， sunmit， ； ；设置一下引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃； 。
二、结果：
GC含量：
引物的位点：
Tm值：
产物长度：。
9、将下面的序列用NEBcutter 2.0工具分析，用产生平末端及有四个酶切位点的酶进行酶切，并用抓图提交胶图（view gel），要求1.4% agarose和Marker为100bp DNA Ladder。
一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST，得知是linear。
进入google首页，搜索NEBcutter 2.0，进入主页，选择linear，运行！选择custom digest， ，把“1”改为“4”，选择平末端，后digest。View gel。选择1.4% agarose和Marker为100bp。
二、结果：
然后就是蛋白质的了一般都在expasy里swiss-prot 适用于检索的 compute pi/mw 求理论分子量 分子量 protparam物理化学性质 protscale亲水性疏水性 peptidemass分析蛋白酶和化学试剂处理后的内切产物
NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank数据库
数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较（BLASTN）
蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较（BLASTP）
两序列比对（Align two sequences）
DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)
分析实验序列外显子部分——GENSCAN（http://genes.mit.edu/GENSCAN.html）
分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php)
注： Custom digest -- view gel
限制性内切酶数据库——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)
设计引物扩增实验序列——Genefisher
Primer 3
蛋白质序列分析及结构预测：
1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy（Compute pI/Mw）
2.分析蛋白质的基本物理化学性质：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白质的亲水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物：ExPASy（PeptideMass） [* ：kinase K]
5.分析蛋白质的信号肽：ExPASy（SignalP）
6.预测蛋白质的二级结构：ExPASy（Jpred 3）
多物种分子系统发育分析：EMBL（www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W
人脂联素蛋白质序列：NP_004788
人类胰岛素生长因子IB前体：P05019
所有学长的论文不能参考，因为学校查重可以查到联合对比库，本科用的是pmlc可以检查到大学生论文联合对比库，就是本科学长论文库，研究生用的5.1或者tmlc可以检查到学术论文联合对比库，就是研究生学长论文库。参考学长的都可以查到。可以多参考一些书上的，因为学校查询不到书上的。同届的不包括，因为同届数据库还没有记录和收录。不要被老师发现就可以。大学生论文联合对比库是不对外开放的，在知网数据库找不到原文。只能知网查重过才能看到相似内容来源。知网你可以到图书馆查重，也可以到一些知网自助查重网站：PaperEasy，学术不端网，蚂蚁查重网等。全程自己 *** 作，也安全快速！RDBMS 关系型DBMS
Record(记录) 同元组(Tuple)
Recovery control(恢复控制) 当时百事 将数据库还原到正确状态的过程
Rcursive relationship(递归关系) 一种关系 挡同一个实体在不同的角色中参与多次时就会出现递归关系 例如Staff Supervises Staff
redundant data(冗余数据) 在多个表中存储的重复数据
Referential integrity(参照完整性) 如果一个表中存在外健 则外健值必须匹配主表中的某些记录的候选键的值
Relation(关系) 一个关系是一张表 它也有列和行
Relational model(关系模型) 以表(或关系)的形式表示数据的数据模型
Relational database(关系数据库) 规范化表的集合
Relation(关系) 实体间有意义的关系
Relationship occurrence(关系出现) 两个实体出现之间的唯一可标识的联系
Requirements collection and *** ysis(需求收集于分析) 数据库应用程序生命周期的一个阶段 包括收集和分析数据库应用程序所要支持的关于公司的信息 并使用这些信息来标识新的数据库应用需求
Row(行) 同元组(Tuple)
Second normal form(第二范式) 一个已经是第一范式的表 同时满足所有的非主健列只能从构成主健的全部列中获得
Secondary index(二级索引) 在数据文件的非有序字段上定义的索引
Security(安全) 指防止数据库被非授权的用户访问 包括有意的和无意的 RDBMS通常提供两种类型的安全 数据安全和系统安全
Server(服务器) 为发出请求的客户提供服务的软件应用程序 参见两层/三层客户端 服务器体系结构
Simple attribute(简单属性) 只有一个组件的属性
Single valued attribute(单值属性) 对于一个实体出现只有一个值的属性
Specialization(特化) 通过标识用来区分实体间成员的特征来最大花实体间成员的差别的过程
Specialization hierarchy(特化层次结构) 同类型层次结构(Type hierarchy)
SQL(Structured Query Language 结构化查询语言) 一种用于RDBMS的非过程化数据库语言 换言之 你只需要指定你需要那些信息 而不需要指定如何得到这些信息 SQL已经被国际标准化组织(ISO)标准化了 因此SQL是定义和 *** 纵RDBMS的正式和实际上的标准语言
Strong entity(强实体) 一个不依赖于其他实体的主健的存在而存在的实体
Subclass(子类) 为(超类)实体中的某些出现并保持特定属性和关系并有不同角色的实体
Superclass(超类) 为实体中的所有出现保存公共属性和关系的实体 可参见特化和泛化
Superkey(超键 ER模型) 一个属性或属性集 诶译的标识了每个实体地出现
Superkey(超键 关系模型) 一个列或者列集 唯一的标识了表中地一个记录
System catalog(系统目录) 保存关于数据库地结构 用户 应用程序等信息地数据
System definition(系统定义) 数据库应用声明周期重的一个阶段 包括定义数据库应用程序以及他的主要用户视图地范围和边界
System security(系统安全) 在系统级保护数据库地访问和使用 不如用户名和密码
Table(表) 同关系(relation)
Ternary relationship(三元关系) 三个实体间的关系 例如panch staff和member之间的Registers关系
Testing(测试) 数据库应用生命周期的一个阶段 包括执行应用程序并有意地发现错误
Third normal form NF(第三范式) 一个已经是 NF和 NF的表 同时满足所有的非主健的列的值仅能从主健列得到 而不能从其他列得到
GL Third Generation Language(第三代语言) 一种过程化的语言 比如COBOL C C++ 它需要用户(通常是程序员)指定必须要干什么事情以及如何干这些事情
Three tier client server architecture(三层客户端 服务器体系结构) 由处理用户界面的客户和处理业务逻辑的应用程序服务器以及数据处理曾组成 而数据库服务器是用来来运行DBMS的
Top down approach(自顶向下方法 用于数据库设计) 一种设计方法 此种方法从定义系统的主要结构开始 然后将这些结构逐步细分成更小的单元 在数据库设计中 通过标识实体和数据间的关系开始这个顶层的步骤 然后逐步添加细节 比如你希望保存的关于实体和关系的信息(成为属性)以及在实体 关系和属性上的所有约束
Transaction(事务) 由用户和应用程序执行的一个动作或一系列动作 这些动作访问或修改数据库的内容
Transaction Processing Monitor TPM(事务处理监视器) 控制数据在客户端和服务器键转换的程序 以便为联机事务处理(OLTP)提供一个一致的环境
Transitive dependency(传递依赖) 假设A B C是表中的列 如果B依赖于A(A >B) 并且C依赖于B(B >C) 则C通过B传递而依赖于A(假设A不依赖于B或C) 如果在主健上存在一个传递依赖 则此表就不是 NF的 必须从表中去掉传递依赖以达到 NF的要求
Tuple(元组) 关系中的一行记录
Two tier client server architecture(两层客户端 服务器体系结构) 由处理主要业务和数据处理逻辑以及与用户的接口的客户端应用程序和管理和控制数据库访问的服务器程序组成
Type hierarchy(类型层次结构) 一个是提以及它的子类和他们的超类 等等
UML(Unified Modeling Language 统一建模语言) 在 世纪 年代和 年代引入的诸多面向对象分析与设计方法重的一种较新的方法
Update anomalies(更新异常) 当用户视图更新一个包含冗余数据的标识可能引起的不一致 有三种类型的异常 插入 删除和更新
User view(用户视图) 从特定的作业(比如经理或管理者)角度或业务应用领域(比如市场 职员或库存控制)定义的数据库应用的需求
View(视图) 一个 虚拟底表 它不实际存在数据库中 但他由DBMS从现有底它所涉及的基本表中产生
View integration approach(视图综合法 用于数据库设计) 每个用户视图的需求 用来构建代表用户试图底独立数据模型 在数据库设计阶段 结果数据库模型被合并成一个更大的模型
lishixinzhi/Article/program/SQL/201311/16197
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