第二，基础医学院，创建于1947年，1958年开始招收本科生，1980年招收硕士研究生，2005年开始留学生的本科教育，2008年招收留学研究生。2014年微生物学、免疫学、人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学开始招收博士研究生。学院现有基础医学和生物学2个一级学科，8个二级学科，基础医学是省级重点学科。学院拥有省级科技创新团队，省级优秀研究生导师团队，省级研究生培养创新示范基地，省级重点实验室，省级实验教学示范中心和生命科学实验中心各1个，为6个国家级专业学术团体的理事单位。
第三，临床医学院，中国人民解放军东北军区在1942年9月建立的伪满赤医院的一片废墟之上，建立了东北军区第十三后方医院，这就是佳木斯大学附属第一医院的前身。佳木斯大学附属第一医院是黑龙江省东部地区集医疗、教学、科研为一体的大型综合性三级甲等医院，在三江地区享有盛誉。
第三，公共卫生学院，学院现有黑龙江省预防医学研究生培养创新基地1个、二级硕士学位授权点1个、校级十大培育学科1个、校级重点学科1个，校级研究所2个，2012年预防医学专业被确定为佳木斯大学校级重点扶持专业。
总体评价，佳木斯大学医学院，全国排名在五十名以外，省内排名第二，总体只能算是地区名校，在当地还是很不错的。但是整体实力一般，而且佳木斯地处偏远，对外招生一般，地理位置影响学校发展。
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