二者各有各的特点。二者之间的主要区别是，医院等级不同、规模和历史不同、科室设置不同，具体如下：
一、医院等级不同
是按三级甲等标准建设的一所市直属非营利性妇幼保健医疗机构。
2、惠州市第二妇幼保健院
二级甲等妇幼保健院。
二、规模和历史不同
1、惠州市第一妇幼保健院
惠州市第一妇幼保健院（惠州市妇女儿童医院）位于广东省惠州市惠城区河南岸20号小区，始建于2008年，占地面积3万平方米，建筑面积5.6万平方米，是一所集保健、临床、教学、科研为一体的非营利性妇幼保健院。
2、惠州市第二妇幼保健院
惠州市第二妇幼保健院有三个院区，总院位于广东省惠州市南坛东路24号，江北院区位于惠州市江北24号小区，南坛院区位于惠州市上排大岭路10号，现占地面积为8619平方米。医院始建于1974年，是一所集预防、医疗、保健、科研、教学为一体的二级甲等妇幼保健院。
三、科室设置不同
1、惠州市第一妇幼保健院
医院设有产科、妇科、普儿科、新生儿科、综合外科等临床科室，儿童神经康复科、超声影像科、放射科等医技科室，产科、新生儿科、妇科、小儿外科、儿科是市级重点专科，手足口病病区是市级规划建设重点专科。
2、惠州市第二妇幼保健院
医院分为保健部、临床部和特色科室，保健部包括儿童保健、妇女保健、围产保健，临床部包括妇科、产科、儿科、新生儿科、产前诊断中心、乳腺外科、小儿外科、肛肠外科、中医康复科、产后康复科、体检中心、口腔科、超声诊断科、放射科、麻醉科手术室、生殖医学中心，特色科室包括准妈妈学院、儿童早教（3Q亲子园）、婴儿游泳中心、产后康复中心、月嫂服务部、体检中心。
参考资料来源：百度百科-惠州市第一妇幼保健院
参考资料来源：官网-惠州市第一妇幼保健院
参考资料来源：百度百科-惠州市第二妇幼保健院
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