同时病人会因为免疫系统损伤而出现一系列症状，例如机会性感染，其中最常见的就是肺孢子菌肺炎，病人可以表现为慢性咳嗽、发热、呼吸困难甚至呼吸衰竭。
病人还可以因为免疫功能低下出现各种肿瘤，例如恶性淋巴瘤、卡波西肉瘤等，最终患者会死于继发性感染或者恶性肿瘤。
艾滋病也叫获得性免疫缺损综合症，患者的免疫系统受HIV侵染后导致免疫缺陷，并发一系列机会性感染及肿瘤。而恶性肿瘤（癌症）的病因十分复杂，除了各种外界诱因外，机体内因是决定性因素，主要包括遗传因素、免疫机能等。艾滋病患者的免疫缺陷给恶性肿瘤发病提供了良好机会，本身恶性肿瘤治愈率又极低，加之患者免疫缺陷，造成多数艾滋病患者死于癌症。而其他感染性疾病治愈率较高，死亡率明显低于癌症。艾滋病病毒破坏了HIV感染者的免疫系统，导致感染者在艾滋病不同的阶段会出现不同典型症状。在艾滋病早期，人们会患结核、疟疾、细菌性肺炎、疱疹、葡萄球菌皮肤感染和白血病。这是人们即使在拥有正常的免疫系统下也会患的疾病，但是由于艾滋病病毒的缘故，在他们中发生的比率会更高，并且与有健康的免疫系统的人相比，艾滋病携带者恢复的时间会更长。当免疫系统由于之前感染的艾滋病病毒或者艾滋病变得功能低下时，就会患上如卡式肺囊虫肺炎、弓形体病、隐球菌病等机会性感染。一些感染会扩散到一些不同的器官中去，这种现象被称作“发散性”或“系统性”疾病。在最后阶段出现的许多机会性感染可能是致命的。
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