1、截止2020年10月份上海交通大学附属医院一共有13家（其中8所综合性医院、5所专科性附属医院）。如上海交通大学附属新华医院，医院创建于1958年。是新中国成立以来上海自行设计建设的首家综合性医院。
2、上海交通大学附属瑞金医院。该医院始建建于1907 年，原名广慈医院，是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性医院。
3、上海交通大学附属仁济医院。始建于1844年，是上海开埠后第一所西医医院。医院目前由东西南北四个院区和上海市肿瘤研究所组成，是一个学科门类齐全，集医疗、教学、科研于一体的综合性三级甲等医院。
4、上海交通大学附属第九人民医院，创建于1920年。其前身为上海市第九人民医院，期间经过几次更名与整合于2015年10月整建制并入上海交通大学附属第九人民医院。
5、上海交通大学附属第六人民医院，具体地址位于上海市宜山路600号。上海市第六人民医院始建于1904年，2002年成为上海交通大学附属医院，是一所三级甲等综合性教学医院。
6、上海交通大学附属上海儿童医学中心，该医院是由上海市人民政府与世界健康基金会（Project HOPE）合作共建的一所集医、教、研于一体的三级甲等儿童专科医院。
7、上海交通大学附属儿童医院，前身是由我国儿科专家富文寿及现代儿童营养学创始人苏祖斐等前辈于1937年创办的上海难童医院。1953年更名为上海市儿童医院，是我国第一家儿童专科医院。2003年成为上海交通大学附属儿童医院。
8、上海交通大学附属胸科医院。创建于1957年，为我国最早建立的集医疗、教学、科研为一体的，以诊治心、肺、食管、气管、纵隔疾病为主的三级甲等专科医院。
9、上海交通大学附属精神卫生中心。该医院始建于1935年，前身为上海普慈疗养院，现已成为上海市三级甲等精神卫生专科医院。
10、上海交通大学附属同仁医院。上海交通大学附属同仁医院成立于1866年，是上海开埠以来最早的西医医院之一。
11、上海交通大学附属九龙医院。上海交通大学医学院附属苏州九龙医院是香港九龙集团投资兴建，并与上海交通大学医学院合作管理的三级甲等综合医院。
12、上海交通大学附属国际和平妇幼保健院。该医院始由国家名誉主席宋庆龄先生于1952年亲自创办，是一所三级甲等妇产科专科和妇幼保健医院，是集医疗、保健、教学和科研为一体的上海交通大学医学院附属医院。
13、上海交通大学附属第一人民医院。始建于1864年3月1日，1877年更名公济医院，1981年挂牌上海市红十字医院，1992年成为全国首批三级甲等综合性医院。2002年成为上海交通大学附属第一人民医院。
参考资料来源：上海交通大学医学院-附属医院
谢谢悟空邀请。
题主提及的问题其实和2000年左右的综合性大学和医科大学的合并有关（成立医学院或部），如当时的上海交通大学和上海第二医科大学、中南工业大学和湖南医科大学、四川大学和华西医科大学、华中理工大学和同济医科大学的合并组建，当然也有合并失败的不少案例。高校和医科大学的合并组建都面临着很大的问题，毕竟每个学校都是几万人，在合并的协商过程中，彼此都会有条件和让步。
上海交通大学在和第二医科大学协商中进展受限后，选择上海第一人民医院和上海第六人民医院成为附属医院，准备组建自己的医学院（多元化发展，比如北京的...）,在划分给交大后，隶属关系未变化，仅在前面冠名“上海交通大学附属”，如上海交通大学附属第一人民医院和第六人民医院。后续上海市儿童医院、上海胸科医院同样划给交大作为附属医院，冠名上海交通大学附属儿童医院和胸科医院。
在2005年，上海交通大学在和第二医科大学正式合并后，，原上海第二医科大学附属瑞金、仁济、新华、九院、儿中心、宝钢（2005年改附属第三人民医院，2014年与附属第九人民医院合并成为九院北部院区）等医院因学校合并，将原名称中的“上海第二医科大学”改为“上海交通大学医学院”，即“上海交通大学医学院附属瑞金医院”等。在合并后，上海市将中福会国际和平妇幼保健院、上海市精神卫生中心以及2013年新合并成立的同仁医院也都划给交大作为附属医院，同时冠名“上海交通大学医学院附属某某医院”。
其实，在合并中学校更多的是希望保留自己原有的传统和文化，这就导致名称的不一致，希望对你有所帮助:(
上海交通大学医学院附属XX医院，医院人事任命隶属于医学院，为原上海第二医科大学附属的医院，换句话说是“亲生儿子”，像医学院附属瑞金医院、医学院附属仁济医院、医学院附属新华医院、医学院附属九院等。 上海交通大学附属医院人事关系隶属于上海申康医院发展中心，不是交大医学院的“亲生儿子”。
其实上海所有三甲医院都有自己的办医主体：复旦系（中山、华山、儿科、妇产科、肿瘤、五官科医院）、交大系（瑞金、仁济、新华、九院、儿中心）、申康系（华东、六院、儿童、十院）、同济系（同济口腔、同济、肺科）、中医大系（龙华、曙光、岳阳）、军医大系（长海、长征、东方肝胆）……
所以，医学院附属和附属，就是亲儿子和干儿子的区别。
同理，复旦的亲儿子只有六所：中山、华山、儿科、妇产科、肿瘤、五官科。其他附属都是山寨的……
上海交通大学医学院附属医院包括瑞金医院，仁济医院，新华医院，九院，其人事关系和编制都由上海交通及医院院负责，其它附属医院人事关系由卫建委负责，严格的说是教学医院。教学和科研都是属于医学院负责，对外都属于上海交通大学，其实大家都是兄弟医院，资源共享。
上海交通大学附属某某医院，从行政关系上某某医院是交通大学直属机构，上海交通大学医学院附属某某医院，行政关系是医学院直属机构。
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