兔消化道内存在大量的微生物，它们并不引起兔体发病，这些微生物就是正常微生物群。兔在出生后，幼兔接触到外界环境微生物后，在消化道内很快就有大量微生物生长繁殖，逐渐适应定殖下来，形成一个微生物群体。肠道内容物中，按传统观念，需氧菌或兼性厌氧菌占绝对多数，但事实上，像大肠杆菌和肠球菌这些需氧菌或兼性厌氧菌只占肠道菌群的5%以下，而占95%以上的都是厌氧菌。这些厌氧菌，以往由于技术上的原因，很难培养出来，因而认为无此类菌存在。随着厌氧培养技术的不断提高，占多数的厌氧菌都能进行分离培养。厌氧性细菌，如双歧杆菌、乳杆菌和类杆菌主要在大肠和盲肠段。肠内正常菌群的平衡是相对的，饲料的种类、抗菌药物、疾病、气候变化以及日龄等因素，均可对菌群种类和数量产生一定的影响。研究发现，随着兔日龄的增长，其体内双歧杆菌和大肠杆菌数量明显增加，肠球菌等逐渐减少；乳杆菌、消化球菌、类杆菌、葡萄球菌和芽孢杆菌的变化不大。
食道内的菌群以乳酸菌为主，其次还有肠球菌、大肠杆菌，胃中的pH非常低，微生物在此部位能否存活取决于对酸的耐受性。在小肠中存活的主要有乳酸菌、肠球菌、链球菌、大肠杆菌、葡萄球菌和芽孢杆菌，此外，还有少量的酵母。小肠前段细菌数量较少，后段数量逐渐增多。微生物很少在十二指肠内增殖，因其液体内容物的流动性很高，但在生长停滞的兔中，小肠肠球菌可以在十二指肠绒毛上形成集落。盲肠充满黏稠黏液，内有数量很高的微生物，且微生物菌群种类繁多，十分复杂。盲肠内的正常微生物主要是厌氧性细菌，如乳酸菌、双歧杆菌和类杆菌等，兼性厌氧菌如大肠杆菌、沙门氏菌、变形杆菌等也存在，但数量少。另外，还存在少量的其他微生物如酵母等。
兔肠道正常微生物群大致有三大类型：共生性类型——这一类微生物对家兔有益无害，是生理性细菌，数量大，恒定存在，主要有乳酸菌、双歧杆菌、类杆菌、肠球菌。在微生态平衡时，不会对兔产生不良反应，具有维生素、蛋白质合成和辅助消化、吸收作用，可防止外袭菌侵入，刺激免疫功能，保持机体健康。致病性类型——此类菌在生态平衡时数量少，不会致病，而且作为保持微生物群落中生态平衡的必要的组成部分，如果数量超出正常水平则可引起兔的疾病。这类细菌主要有大肠杆菌、葡萄球菌等。中间性类型——此类菌具有生理性作用和病理性作用，换言之，它们具有潜在的危害性，中间类型微生物群的增加可导致腐败物质和毒素的增加。
肠道菌群被称为是人体的“加油站”、“排污场”。越来越多的科学证据表明，一个良好的肠道菌群环境不仅有助于我们消化和吸收食物中的营养物质，更能够帮助我们的机体建立起正常的免疫力。
细菌肠道菌群是一个具有高度复杂性、多样性的群体，在我们胃肠道中约栖居着百万亿个菌株，总重高达1～2kg，其种类超过1000 种。下面，我们将带领大家走进肠道菌群的世界，共同了解肠道菌群的那些事儿。
肠道菌群有哪些种类
在人体消化道中，生存着不同的细菌、病毒、真菌及原虫等多种微生物，这些微生物共同组成人体肠道的微生态环境。肠道菌群可以主要分为共生菌、致病菌、中性菌三类。
1、共生菌： 也就是我们常说的所谓“益生菌”的范畴，他们的主要作用是协助胃肠道进行营养物质的分解、代谢、吸收和消化，同时这类菌群还有助于免疫功能的建立和完善，主要包括优杆菌、类杆菌、双歧杆菌、乳酸杆菌及消化球菌。
2、致病菌： 也就是我们普遍意义上理解中的“有害菌”，这类菌群是能够直接导致消化道疾病发生的菌类，在 健康 状态下，这类菌群在我们的肠道中比较少，因此不会表现出致病性，但在一定的条件下，例如：身体抵抗力下降或饮食不洁，摄入有害菌超标的食物时，就会导致疾病的发生，这类菌群主要包括韦氏梭菌、变形杆菌、葡萄球菌及假单胞菌等。
3、中性菌： 菌如其名，其作用介于共生菌和致病菌之间，在正常情况下，一定数量的中性菌是有益于肠道的消化、代谢的，但在一定条件下，中性菌可能在肠道中积累，使肠道中的某些毒素、腐败物质或者致癌物质的含量增加，从而导致疾病的发生。这一类菌群包括大肠埃希菌、乳杆菌、链球菌(屎球菌）及韦荣球菌等。
肠道菌群有哪些功能
肠道菌群的数量庞大，类型复杂，与人体形成了一种“互惠互利”的共生关系。它们的生长依赖于人体提供的丰富营养和相对安全环境，同时它们也在我们的体内形成了一套井井有条的工作网络，在维护人体身体 健康 ，促进人体正常发育等方面发挥着至关重要的作用。
1、生物拮抗作用 ：正常菌群是能够在人体肠道中某一特定部位“安家落户”，即黏附、定植和繁殖，这个时候，菌群就能够在定植的部位表面形成一层“菌膜屏障”，这层“菌膜屏障”就像是肠道表面的一层保护伞，对于流经消化道的外源性微生物（包括许多外源性病原体）形成了一种天然的隔绝，通过竞争、消化和分泌各种代谢产物和细菌素等，抵抗外源微生物定植和侵袭。
体内的正常菌群通过这种拮抗作用，抑制并排斥人体不慎食入的病原菌在肠道的“安家落户”，维持体内微生态的平衡状态，使人体免于感染致病菌。
2、营养作用 ：肠道菌群在我们的肠道中不仅扮演着“卫兵”的作用，同时还能够促进肠道组织的发育、参与肠道营养物质的代谢以及合成人体所需的重要营养物质。肠道细菌参与代谢，产生的短链脂肪酸，为肠道上皮细胞的生长发育提供营养支持，促进人体肠道上皮的生长与分化。
同时，肠道菌群还参与合成人体生长发育必需的氨基酸、维生素等，如 B 族维生素、维生素 K、烟酸、泛酸等。此外，肠道中微生物还能够能促进人体对钙、铁、镁、锌等多种离子的吸收，这些离子对于促进身体某些结构的生长与发育，如：骨骼、牙齿等，对体内氧的输送等有重要作用。
3、代谢作用 ：肠道菌群还能够为我们机体的某些代谢过程提供了重要的“催化剂”——酶类，通过发酵和降解多糖(淀粉、纤维素、半纤维素、胶质等)以及不能被宿主吸收的寡糖，产生一些短链脂肪酸，例如：乙酸、丙酸、丁酸等，这些脂肪酸都是宿主生长、增殖的能量和生化反应的重要底物。此外，肠道菌群还以其他各种各样的方式协助机体对于糖类、脂类、氨基酸、维生素、胆固醇以及诸多外来化合物的代谢。
4、免疫作用 ：肠道细胞发挥着类似皮肤的免疫屏障作用，阻止致病因素经过肠道时对机体造成损害，同时，肠道正常菌群发挥着刺激机体免疫系统发育、激活细胞免疫等作用。研究发现，肠道中的两大代表性有益菌“乳酸杆菌”和“双歧杆菌”，他们的活菌体和菌体中的一些成分（破碎液、发酵液）都能够起到增强机体免疫的作用。
此外，双歧杆菌能通过刺激免疫细胞产生重要的细胞因子白介素来促进我们机体内重要的免疫细胞——淋巴细胞的增殖、分化、成熟，增强免疫细胞的对病原体的杀伤力。
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