鞭杆中心有一对包在中央鞘中的相互平行的中央微管，其外被9个微管二联体围绕一圈，整个微管被细胞质膜包裹。相邻的微管二联体间有微管连丝蛋白相连，此外，在每条微管二联体上还有伸向中央微管的放射辐条。每条微管二联体由A、B两条中空的亚纤维构成，其中A亚纤维是一个完全微管，即每圈由13个球形微管蛋白亚基环绕而成，而B纤维则由10个亚基围成，所缺的3个亚基与A亚纤维共用。 A亚纤维上伸出内外2条动力蛋白臂，它是一种能被Ca2+和Mg2+激活的ATP酶，可以水解ATP以释放供鞭毛运动的能量。通过动力蛋白臂与相邻的微管二联体的作用，可使鞭毛作弯曲运动。
另外还有一个9*3+0结构,与这个类似,但是要注意区别.
鞭毛横切面的微管排列是9＋2式，即中心有一对由中央鞘包裹着的微管，外围环绕以两两连接在一起的9组微管二联体。图：
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