生态系统的能量流动(Energy flow)和物质循环(Material cycle)均以初级生产为基础。
总初级生产(Gross primary production)：植物光合作用中固定的总太阳能。
净初级生产(Net primary production)：总初级生产减去植物呼吸作用(Respiration)所消耗的能量。
总初级生产仅利用总太阳能的3.6%，减去呼吸作用所消耗的能量，仅有2.4%的总太阳能用于净生产力，绝大部分太阳能不为植物利用而被丢失。
不是的，呼吸作用产生的能量仅有34%转化为ATP。在生物体内，1mol的葡萄糖在彻底氧化分解（有氧呼吸）以后，共释放出2870kJ的能量，其中有1160.52kJ左右的能量储存在ATP中（38个ATP，1molATP储存30.54kJ能量），其余的能量都以热能的形式散失了。无氧呼吸更少，消耗1mol的葡萄糖共放出196.65kJ的能量，其中有61.08kJ的能量储存在ATP中。
所以呼吸作用产生的大部分能量用于发热了。
有氧呼吸分为三个阶段：第一阶段：
在细胞质的基质中，叫做糖酵解。反应式：c6h12o6酶→2c3h4o3(丙酮酸)+4[h]+少量能量
(2atp)
第二阶段：
丙酮酸进入线粒体的基质中。这一阶段也不需要氧的参与，是在线粒体基质中进行的。反应式：2c3h4o3(丙酮酸)+6h2o酶→20[h]+6co2+少量能量
(2atp)
第三阶段：
在线粒体的内膜上，产生大量的能量。这一阶段需要氧的参与，是在线粒体内膜上进行的。反应式：24[h]+6o2酶→12h2o+大量能量(34atp)
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