类别Ⅱ（class Ⅱ）启动子： 类别Ⅱ启动子涉及众多编码蛋白质的基因表达的控制。 该类启动子包含4类控制元件：
1基本启动子（basal promoter）：序列为中心在-25至-30左右的7 bp保守区，TATAAAA/T， 称为TATA框或Goldberg-Hogness 框。与RNA聚合酶的定位有关，DNA双链在此解开并决定转录的起点位置。失去TATA框，转录将在许多位点上开始。
2起始子（initiator）：转录起点位置处的一保守序列，共有序列为：PyPyANT(A)PyPy Py为嘧啶碱（C或T），N为任意碱基，A为转录的起点。DNA在此解开并起始转录。
3上游元件（upstream factor）：普遍存在的上游元件有CAAT框、GC框和八聚体（octamer） 框等。CAAT框的共有序列是GCCAATCT，GC框的共有序列为GGGCGG和CCGCCC，八聚体框含有8bp，共有序列为ATGCAAAT；
4应答元件（response element）：诱导调节产生的转录激活因子与靶基因上的应答元件结合。 如热休克效应元件 HSE 的共有序列是 CNNGAANNTCCNNG，可被热休克因子HSF识别和作用；血清效应元件SRE的共有序列CCATATTAGG，可被血清效应因子SRF识别和作用。
参与RNA聚合酶Ⅱ转录起始的各类因子数目很大，可分为3类：
1通用因子（general factor）：作用于基本启动子上的辅助因子称为通用（转录）因子（GTF）， 或基本转录因子（basal transcription），为任何细胞类别Ⅱ启动子起始转录所必需，以TFⅡⅩ来表示，其中Ⅹ按发现先后次序用英文字母定名，如TFⅡA、TFⅡD、TFⅡH。 2上游因子（upstream factor）：或转录辅助因子（transcription ancillary factor），是指识别上 游元件的转录因子。
3可诱导因子（inducible factor）：在真核生物中，与细胞类型和发育阶段相关的基因表达， 主要通过转录因子的重新合成来进行调节的，是长期的过程。对外界刺激的快速反应则主要通过转录激活物（transcription activator）的可诱导调节。这些诱导的转录激活因子与靶基因上所谓应答元件相结合。
类别Ⅲ（class Ⅲ）启动子： 类别Ⅲ启动子为RNA聚合酶Ⅲ所识别，他涉及一些小分子RNA的转录。 RNA聚合酶Ⅲ的启动子有3种类型结构：
1类型1基因内启动子：如5S rRNA
基因的启动子，位于转录起点下游，即在基因内部，是 下游启动子，有两个框架序列，被3种辅助因子所识别。5S
rRNA基因的启动子包括框架A（box A）、中间元件（intermediate element
）和框架C（box C）3个元件组成。TFⅢA结合在框架A上，然后促使TFⅢC结合，后者结合导致TFⅢB结合到转录起点附近，并引导RNA聚合酶Ⅲ结合在起点上。TFⅢB使RNA聚合酶Ⅲ正确定位，起“定位因子”（positioning factor）作用。
2类型2基因内启动子：如tRNA基因的启动子，有两个控制元件，分别为框架A和框架B。 TFⅢC结合框架B，其结合区域包括框架A和框架B，然后导致TFⅢB结合到转录起点附近，并引导RNA聚合酶Ⅲ结合在起点上。
3上游启动子：如snRNA基因的启动子，位于转录起点上游。有3个上游元件：OCT（八 聚体基序 octamer motif）、PSE（邻近序列元件 proximal sequence element）、TATA元件。在RNA聚合酶Ⅲ的上游启动子中，只有靠近起点存在TATA元件，就能起始转录。然而PSE和OCT元件的存在将会增加转录效率。
原核表达系统中通常使用的可调控的启动子有lac(乳糖启动子)、trp(色氨酸启动子)、tac(乳糖和色氨酸的杂合启动子)、lpl
(l噬菌体的左向启动子)、t7噬菌体启动子等。
（1）lac启动子：它来自大肠杆菌的乳糖操纵子，是dna分子上一段有方向的核苷酸序列，由阻遏蛋白基因(laci)、启动基因(p)、操纵基因(o)和编码3个与乳糖利用有关的酶的基因结构所组成。lac启动子受分解代谢系统的正调控和阻遏物的负调控。正调控通过cap(catabolite
gene
activation
protein)因子和camp来激活启动子，促使转录进行。负调控则是由调节基因产生lacz阻遏蛋白，该阻遏蛋白能与操纵基因结合阻止转录。乳糖及某些类似物如iptg可与阻遏蛋白形成复合物，使其构型改变，不能与o基因结合，从而解除这种阻遏，诱导转录发生。
（2）trp启动子：它来自大肠杆菌的色氨酸操纵子，其阻遏蛋白必须与色氨酸结合才有活性。当缺乏色氨酸时，该启动子开始转录。当色氨酸较丰富时，则停止转录。b-吲哚丙烯酸可竞争性抑制色氨酸与阻遏蛋白的结合，解除阻遏蛋白的活性，促使trp启动子转录。
（3）tac启动子：tac启动子是一组由lac和trp启动子人工构建的杂合启动子，受lac阻遏蛋白的负调节，它的启动能力比lac和trp都强。其中tac
1是由trp启动子的－35区加上一个合成的46
bp
dna片段(包括pribnow
盒)和lac操纵基因构成，tac
12是由trp的启动子-35区和lac启动子的-10区，加上lac操纵子中的操纵基因部分和sd序列融合而成。tac启动子受iptg的诱导。
（4）lpl启动子：它来自l噬菌体早期左向转录启动子，是一种活性比trp启动子高11倍左右的强启动子。lpl启动子受控于温度敏感的阻遏物
cits857。在低温(30℃)时，cits857阻遏蛋白可阻遏pl启动子转录。在高温(45℃)时，cits857蛋白失活，阻遏解除，促使pl启动子转录。系统由于受cits857作用，尤其适合于表达对大肠杆菌有毒的基因产物，缺点是温度转换不仅可诱导pl启动子，也可诱导热休克基因，其中有一些热休克基因编码蛋白酶。如果用l噬菌体ci+溶源菌，并用丝裂霉素c或萘啶酮酸进行诱导，可缓解这一矛盾。
（5）t7噬菌体启动子：它是来自t7噬菌体的启动子，具有高度的特异性，只有t7rna聚合酶才能使其启动，故可以使克隆化基因独自得到表达。t7rna聚合酶的效率比大肠杆菌
rna聚合酶高5倍左右，它能使质粒沿模板连续转录几周，许多外源终止子都不能有效地终止它的序列，因此它可转录某些不能被大肠杆菌rna聚合酶有效转录的序列。这个系统可以高效表达其他系统不能有效表达的基因。但要注意用这种启动子时宿主中必须含有t7rna聚合酶。应用t7噬菌体表达系统需要2个条件：第一是具有t7噬菌体rna聚合酶，它可以由感染的l噬菌体或由插入大肠杆菌染色体上的一个基因拷贝产生；第二是在一个待表达基因上游带有t7噬菌体启动子的载体。
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