微生态系统研究有所降温，其中最重要的一个原因就是生态学理论的飞速发展，生物多样性、全球变化、可持续发展正成为生态学研究的重心，而微生态系统理论并没有大的变化，以跟上研究的需要，因而逐渐为人们所冷淡；再者，由于微生态系统理论体系自身的局限，常使人们陷入关于实验结果的可信程度、研究的尺度等问题的争论之中。但是，微生态系统研究仍然具有活力和吸引力，关于其研究进展的文献有很多，既包括其传统的研究领域，又向生态学新的分支领域的研究作了发展性尝试。这表明，微生态系统理论还是在发展着的，在生态学未来的研究中将继续发挥重要作用，相信它会很好地解决前进道路上的困难。
人体微生物种类繁多，数量巨大，它们共同组成了人体微生态系统。由于受到复杂繁多的人体内外因素的影响，因而人体微生态系统是一个非常复杂的系统， 按照正常微生物群在微生态系统中所占的空间不同把人的微生态系统分为以下几类：人类口腔微生态系统、人类胃肠道微生态系统、人类泌尿道微生态系统、人类生殖道微生态系统、人类皮肤微生态系统和人类呼吸道微生态系统。各系统正常菌群总数量达到百万亿计，总重量相当于肝脏的重量，其中肠道内的正常菌最多，占人体正常菌群总量的78％左右。这些正常菌群自我们离开母体呱呱落地就开始定植，并伴随终身。经过漫长的生物进化过程，正常菌群与人体处于共生状态，并与人体建立起密切的关系，对促进人体生理机能的完善尤其是免疫功能的成熟起非常重要的作用。它们与机体已形成相互依存、互为利益、相互协调又相互制约的统一。这种统一体现了人类微生态的动态平衡，平衡则健康，失衡则致病。什么是微生态制剂
微生态制剂又称益生菌、益生素、利生素、活菌制剂，是指在微生态理论的指导下采用已知的有益微生物，经培养、复壮、发酵、包埋、干燥等特殊工艺制成对人和动物有益的生物活菌制剂，有的还含有他们的代谢产物或添加有益菌的生长因子，具有维持宿主微生态平衡，调整其微生态失调和提高健康水平的功能，对建立良好的水域微生态环境(包括养殖动物体内外微生态环境)，进行健康养殖具有重要作用。在一定程度上可部分或完全替代抗生素。
依据不同的标准，微生态制剂可以分为以下几种
1、按使用目的有促生长剂、免疫促进剂、治疗剂、水质改良剂。
2、按菌种分有光合细菌、芽孢杆菌、乳酸菌、酵母菌等。
3、按菌种组成成分有单一制剂和复合制剂。复合制剂能适合各种条件和多种宿主，效果更好，是目前发展的趋势。
4、按物质组成分有益生菌、益生元和合成元等。益生菌是指一类通常分离自动物体内的正常菌菌群而制成的生物活性制剂，它可以通过动物消化道发挥其生物的竞争排斥作用，帮助建立有利于宿主的肠道微生物区系，从而预防疾病，促进生长，提高免疫力。益生元是指低聚糖类物质等些不被宿主消化吸收却能有选择地促进动物体内双歧杆菌等有益菌的代谢和增殖从而保证动物健康的有机物质。合生元是指益生菌和益生元的结合生物制剂，可以同时发挥益生菌和益生元的作用。
5、按剂型分有液体、固体、半固体。
什么是水族微生态制剂
水族微生态制剂是根据水体微生态平衡原理，将从自然界选育的有益菌株和经过定向筛选的正常微生物菌群中的有益菌株配合而成的。它通过刺激机体免疫系统，调节机体内微生态平衡，拮抗病原微生物，降解养殖过程中的有机废物等来达到提高免疫力、抗病促生长和净化水质等作用。
水族微生态制剂的六大功能
1、净化水质、改善底质、分解有机污染物
高密度精养水体由于大量的残饵、粪便、有机污染物等在嫌气细菌的作用下会分解产生大量有毒有害物质，如氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等危害水族的生存和生长。水质净化型微生态制剂具有气化、氨化、硝化、反硝化、解磷、固氮等作用，能将上述有毒物质分解为二氧化碳、硝酸盐、硫酸盐等无毒物质，进而被水体中的藻类加以利用，起到净化水质的作用:另外，还从两个方面间接起到增加水体溶氧的作用: 一是通过降低COD而增加溶氧，二是通过促进藻类繁殖和生长而增加放氧量。
2.防止水族动物体内有毒物质的蓄积，解毒、排毒、祛毒三合一
毒素来源分为两种:一水族动物体内毒素:主要来源于肠道内的微生态失调致使消化过程中产生胺、氨、吲哚等有毒物质，再就是饲料中或内服药物的药物残留二养殖水体中的毒素:主要来源于滥用抗生素、杀虫、杀草药残留下来的有毒害物质，再就是有害藻类(蓝藻、甲藻等)死亡后释放出的藻类毒素水族动物中毒后会表现出厌世、畸形、生长慢等病理状态。有些有益菌，如乳酸杆菌、链球菌、芽孢杆菌等产生氨基氧化酶及分解硫化物的酶类，可以阻止毒性胺和氨的合成，降低氨、吲哚等毒气以及重金属的毒性。
3、激活水族动物免疫力、提高抗应激能力及耐受力
微生态制剂能够激活水族动物免疫器官，能刺激水族动物产生干扰素，预防病毒类疾病还能提高免疫球蛋白浓度和巨噬细胞的活性，激发非特异性免疫调节因子，达到预防细菌性疾病的目的，定期使用能够诱导T、B淋巴细胞和巨噬细胞等产生细胞因子，通过淋巴细胞再循环而活化全身的免疫系统，从而增强机体免疫力及对环境耐受力和应激能力。
4、增强吸收、强化诱食、促进养殖动物生长
微生态制剂对水族动物有明显的诱食、促生长作用，一是菌体含有大量的营养物质、富含蛋白质、B族维生素、泛酸、生物素、叶酸、类胡萝卜素、钙、磷和多种微量元素及辅酶Q等:二是一些微生物在发酵或代谢过程中产生促生长类的生理活性物质，产生各种消化酶类并提高动物体内消化酶的活性等，有助于养殖动物对食物的消化和吸收，促进其生长和发育三是产品中复配有多种微量元素、促生长因子及诱食因子。
5、抑制、杀灭有害菌，预防疾病
有益活菌在繁殖过程中能够产生具有抗菌作用的胞外产物，可抑制病原菌的生长繁殖，例如光合细菌能够抑制致病性弧菌的生长，在鱼类和对虾养殖中起到预防红体病作用：芽孢杆菌可以抑制沙门氏菌、大肠杆菌，预防肠炎、腹水、化皮等疾病乳酸菌能抑制病原生物的生长和繁殖，预防疾病发生嗜菌蛭弧菌能够裂解革兰氏阴性致病菌，例如弧菌、嗜水气单胞菌、假单胞菌、沙门氏菌等，直接预防疾病。
6、参与水族动物体内的多种微生态调节，调理肠道
微生态制剂可参与水族动物体内多种微生态调节、维护体内微生态平衡，参与生理代谢减少中间毒素物质(胺、氨、吲哚、硫化氢)生成:参与消化吸收产生各种消化酶，合成B族维生素，平衡营养参与非特异免疫调节，提高动物抗体水平和巨噬细胞活性，提高抗病能力微生态制剂可分泌抑菌物质参与抑菌防病机制，并通过生物拮抗(竞争占位、生物夺氧、调理肠道)达到防病作用。
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