根据相似相溶理论，极性因定相，对极性物质保留好些，非极性固定相对非极性物质保留好些。而在分离过程中，分离机理极为复杂，目前还有没一种理论能完全理解分离机理，好多理论相相互参考。
在反相色谱一般性的分离中，按极性顺序出峰，极性强的先出峰，极性弱的后出峰，常见物质官能团的极性顺序：烷基〈卤素〈（F〈
Cl〈
Br〈
I
）〈醚〈硝基〈睛〈叔胺〈酯〈酮
〈醛〈醇〈酚〈伯胺〈酰胺〈羧酸〈磺酸。由此可判断出峰顺序。
改变载体,固定相或者流动相的极性.定量的分析太麻烦了,没有办法在这里说清楚,色谱的基本原理可以说是因为组分的极性不同,通过不同的固定相的时候在固定相上吸附能力不相同,那么改变固定相的极性或者流动相的极性就是最简单的办法(HPLC中固定相和流动相是竞争的关系).载气流量，升温速率 分析测试百科网乐意为你解答实验中碰到的各种问题，基本问题都能得到解答，有问题可找我，百度上搜下就有。影响气相色谱分离的因素大致有柱子的极性，色谱的分离温度，载气的流速。
单就分离而言，主要还是柱子固定液的极性，也就是选择性，其他柱温、柱长、载气流速等影响很有限。如果想从根本上改善分离，关键还是选对柱子。
补充一点，进样器和检测器的死体积对分离影响也较大，常见的是同一根柱子，在国产仪器上分离不怎么样，到了6890上就分离不错，呵呵
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