主要途径有：一、农田等施药后农药对作物的直接污染。农药本身残留于作物上，作物等经过加工后仍然会有残留。施用不同类型的农药，残留情况不同。农药残留于作物上，可能粘附在农作物体表，也可能渗进植物表皮蜡质层或组织内部，也可能被作物吸收、输导分布在植物各部分汁液中。
二、作物对污染环境中农药的吸收。在田间晒药时，大部分农药是晒落在农田中，有些残存在土壤中，有些被冲刷至池塘、湖泊、河流中，这样造成对自然环境的污染。在有农药污染的土壤中栽培作物时，残存的农药又可能被吸收而造成污染；池塘、湖泊、河流等被污染后，被鱼等水生生物吸收而造成水生食品的污染。
三、农药微粒等在空中随雨雪降落：喷洒农药后，有一小部分以极细的微粒漂浮于大气中，长时间随雨雪 降落到土壤和水域，也能造成食品的污染。
四、生物富集与食物链。生物富集，是指生物体从环境中能不断吸收低剂量的农药，并逐渐在其体内积累的能力。食物链，是指动物体吞食有残留农药的作物或生物后，农药子生物间转移的现象。
五、运输和贮存中与农药混放或者施用熏蒸剂。
综上，主要途径是通过喷洒农药于作物、植物根部吸收、环境污染而导致的鱼等受污染、空气污染、生物富集与食物链、运输与贮运等污染食品的初级产品进而污染食品。
（1）使用农药防治农作物病虫害，直接污染食用作物。但在食用作物上的残留受到农药的品种、剂型、施用次数、施药方法、施药时间、气象条件以及植物品种等多种因素的影响。
（2）农药被植物根部吸收后转移至食物中，引起食物污染。据研究证实，喷洒农药后有40%～60%的农药降落在土壤中。土壤中农药可通过植物的根系吸收转移至植物组织内部和食物中，土壤中农药污染量越高，食物中的农药残留量也越高。同时还受植物的品种、根系分布等多种因素的影响。
（3）施用农药的同时或以后对大气、水体的污染造成动植物体内含有农药残留，间接污染食品。
（4）经过食物链和生物富集作用污染食品。农药对水体造成污染后，使水生生物长期生活在低浓度的农药中，水生生物通过多种途径吸收农药，通过食物链可逐级浓缩。这种食物链的生物浓缩作用，可使水体中微小的污染而导致食物的严重污染。如从水中农药→浮游生物→水产动物→高浓度农药残留食品。这种富集系数藻类达500倍，鱼贝类可达2000～3000倍，而食鱼的水鸟高达10万倍以上。
（5）运输及储存过程中由于和农药混放而造成的食品污染。食品在运输中由于运输工具、车船等装运过农药未予清洗以及食品与农药的混运，可引起农药的污染。另外，食品在储存中与农药混放，尤其是粮仓中使用的熏蒸剂未按规定存放，也可导致污染。
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