细菌和真菌的名称中均有一个“菌”字，同属微生物，但两者在生物类型、结构、大小、增殖方式和名称上却有着诸多不同:
A.生物类型的不同，
细菌没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物；
真菌有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物。
细菌全部是由单个细胞构成，为单细胞型生物；
真菌既有由单个细胞构成的单细胞型生物（如酵母菌），也有由多个细胞构成的多细胞型生物（如食用菌、霉菌等）。
B.细胞结构不同，
细菌和真菌都具有细胞结构，属于细胞型生物，在它们的细胞结构中都具有细胞壁、细胞膜、细胞质，但却存在诸多不同，具体表现在：
一是细胞壁的成分不同：细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌细胞壁的主要成分是几丁质。二是细胞质中的细胞器组成不同：细菌只有核糖体一种细胞器；而真菌除具有核糖体外，还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器。
三是细菌没有成形的细胞核，只有拟核；真菌具有。
四是细菌没有染色体，其DNA分子单独存在；真菌细胞核中的DNA与蛋白质结合在一起形成染色体（染色质）。
C.细胞大小不同，
原核细胞一般较小，直径一般为1μm~10μm；
真核细胞较大，直径一般为10μm~100μm。
D.增殖方式不同，细菌是原核生物，为单细胞型生物，通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂；真菌为真核生物，细胞的增殖主要通过有丝分裂进行，因真菌种类的不同其个体增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式。
E.名称组成不同，尽管在细菌和真菌的名称中都有一个菌字，但细菌的名称中一般含有：球、杆、弧、螺旋等描述细菌形态的字眼，只有乳酸菌例外（实为乳酸杆菌）；而真菌名称中则不含有。
特点不同：真菌和细菌是两种不同的生物体，正常情况下细菌是经过分裂繁殖的，是属于单细胞生物，而真菌是经过孢子生殖的，是属于真核生物。细菌感染之后可能会表现出寒战高热的症状，而真菌感染后可能会表现出皮疹的症状。
真菌在自然界中分布极广，有十万多种，其中能引起人或动物感染的仅占极少部分，约300 种。很多真菌对人类是有益的，如面粉发酵，做酱油、醋、酒和霉豆腐等都要用真菌来发酵。工业上许多酶制剂、农业上的饲料发酵都离不开真菌。
真菌感染注意事项
真菌感染以后，最需要注意的是不能过度使用抗生素，会引起菌群失调。因为真菌感染很容易复发，需要定期复查，随时调整治疗方案。提高机体抵抗力，避免反复感染。
真菌感染可以引起很多疾病，它可以通过呼吸道、消化道、各种插管、皮肤破损处感染人体。当抵抗力下降时就会出现症状。感染部位不同，症状不同，包括痒、水泡、脱皮、鳞屑、甚至发热、咳嗽、咳痰、腹胀、腹泻、头晕。
LZ您好给你一个菌或者菌落，区别细菌还是真菌，方法很多。
显微镜下，细菌找不到细胞核，染色后最多能看到核区——是原核生物；真菌有清楚的细胞核
所有的细菌必然都是单细胞的，如果多个细胞共存，彼此间毫无联系，只是物理空间上粘连真菌有单细胞的(譬如酵母菌)，也有多细胞的。因而看到一个多细胞生物，请务必划为真菌类
细菌的细胞壁是肽聚糖，而真菌如有细胞壁是几丁质。这个可以用特定的酶分解看反应进行判断
高倍显微镜下细菌的细胞器撑死看到核糖体。真菌则是内质网，高尔基体，线粒体……一应俱全
普遍上单个细胞，细菌比真菌小一个数量级
发现他们繁殖后代了，你会看到细菌只会普通一分为二(就是简单拉长，中间断开的二分裂法)，而真菌则会有多种多样的姿势：有丝分裂，出芽生殖，孢子生殖……条件允许的时候也能观测到减数分裂这样类似的有性生殖
最后是最蠢的办法，适用于考试临时出题而不是实验里：
除开乳酸杆菌是真菌，其他所有名字含“杆，弧，球，螺旋…”的，全是细菌
至于微生物的定义，从物理学出发：所有肉眼难以直接观察的微小生物，即是微生物。这样即可
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