肝肾同源理论源于《内经》。 “肝肾同源”是指肝肾的结构和功能虽有差异，但其起源相同，生理病理密切相关，可采用“肾肝同治” 的治疗法则。在先天，肝肾共同起源于生殖之精；在后天，肝肾共同受肾所藏的先后天综合之精的充养。
“人始生，先成精，精成而脑髓生”（《灵枢。经脉》），“肾生骨髓，髓生肝”（《素问。阴阳应象大论》）。 故“肝肾同源”又即肝肾的结构和功能体系通过某些中心环节而密切相关。“肝肾同源于精血”意即肝肾的结构和功能体系通过“精血”这一中心环节而密切相关。
《素问·五运行大论》云：“北方生寒，寒生水，水生咸，咸生肾，肾生骨髓，髓生肝”，揭示了肝肾两脏之间相互联系、相互影响的密切关系，体现了祖国医学的整体观念。“肝肾同源”的哲学思想渊源于《易经》，医学基础根源于《内经》，临床实践丰富于汉唐金元，理论体系形成于明代，实验研究发展于现代。
《素问·阴阳应象大论》曰：“肾生骨髓，髓生肝。”吴昆注曰：“髓生肝，即肾生肝，水生木也。”可见《内经》认为，“肾”是通过“髓”生养“肝”而体现“母子”联系的。“脑为髓海”，“肾生肝”的生理功能，必然受到“脑髓”的调控。不但“肝肾”生理联系如此，而且病理影响亦然。
肝与肾之间的'关系
主要表现在精血同源、藏泄互用以及阴阳互滋互制等三个方面。
1.在精血同源方面
(1)生理上
肾精和肝血之间存在着相互资生和相互转化的关系，而且精和血皆由水谷之精化生和充养，故称之为“精血同源互化”。
(2)病理上
肝血不足与肾精亏损多可相互影响，形成肝肾精血两亏的病变。
2.在藏泄互用方面
(1)生理上
肝气疏泄与肾气封藏，相反而相成，从而调节女子的月经来潮、排卵和男子的排精功能。
(2)病理上
肝肾藏泄失调，女子可见月经周期失常，经量过多或闭经，以及排卵障碍，男子可见阳萎、遗精、滑泄或阳强不泄等症状。
3.在阴阳互滋互制方面
(1)生理上
肾阴滋养肝阴，共同制约肝阳，则肝阳不偏亢肾阳资助肝阳，共同温煦肝脉，可防止肝脉寒滞。
(2)病理上
形成肝肾阴虚，肝阳上亢以及肝肾阳虚，肝脉寒滞之证。
正因为肝和肾之间存在着精血同源、藏泄互用，以及阴阳互滋互制等密切关系，所以有“肝肾同源”或“乙癸同源”的说法。
“五脏之伤，终必及肾”，出自张景岳的《景岳全书》。意思是所有内脏疾病，如果长期不得治愈，最终都会影响到肾脏的功能。
先说肺，肺主呼吸，而肾主纳气。肾的纳气使肺能更好发挥肃降功能，而肺对气的肃降又使肾有所封藏。很多长期呼吸系统疾病的人，最终导致呼吸俯仰，虚喘无力，动则气喘，腰膝无力，这就是肺病最终影响到肾的功能了。
人体之精气的来源分先天和后天。先天之精为肾所藏，后天之精来自脾胃运化所生。先天之精可以温阳脾胃，使脾胃更好的发挥运化功能，所谓“火能生土”。而脾胃运化之精又可以充养先天之精，使先天之精在不断的消耗中不至枯竭。很多慢性腹泻的病人，由于长期营养不良，导致虚泄无度，肌肉消瘦或虚胖，阴虚阳浮，夜卧不眠，骨质疏松，齿根外露等等。这就是因为脾胃的疾病影响到肾的功能了。
肝主疏泄，肝藏血，肾藏精，精血同源，肝肾同源。长期肝郁之人，肝郁气滞血瘀，肝郁亦可化火。这都是“中风”的病理基础，最终就会头摇身动，偏瘫痿痹，舌强肢麻。这就是肝病影响到肾的功能了。
心火为人之“君火”，心阴之濡润，使心火下降，温阳肾精，而肾精上承，亦可使心阳不至太过升腾。此所谓“心肾相交，水火既济”也。如果长期思虑烦扰，心神飘摇，心神不能下潜，就会使肾水生寒，成为上实下虚，上热下寒的病症。这种病人双足常冷，腰膝无力，而面如火燎，头昏神摇。
总之一句话，心肝脾肺肾五脏之病，长期不得治愈，最终都会导致肾的疾病。
那么反过来说，如果肾精充盈，则会使五脏之病更快的康复，不至迁延不愈。这就是为什么有些人体质强健，不易得病，得病之后也容易康复的道理。
中药护肾，没有一定之法，只能以偏治偏。但有一个总的原则，那就是阴阳同补，不可偏废。
有些人认为自己肾阳不足，就大量的用附子、肉桂、鹿茸、淫羊藿等补阳之品，很快就导致唇焦口燥，髓枯液竭的后果。
相反，过用生地、阿胶、麦冬、石斛等阴柔之品，也会导致肾水阴寒，足寒泄泻。
这都是违背了中医的基本理论“阴阳互根”的后果。至于补肾方药中，到底补阳和补阴的药要各占多大比例，这就要根据每个人阴多阳少的状态来看了。望闻问诊，诊查疾病，最终才能遣方用药，从来就没有适合每个人都服用的中药方子。
六味地黄丸补中有泄，用药平和，却有阴无阳；金贵肾气丸阴阳双补，以阳运阴，可用于阳不化气之人；左归丸偏于肾阴，而右归丸偏于肾阳；至于四逆、参附等，纯阳无阴，用于肾阳暴脱之症。此中权衡斟酌，必良医方可为之。
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