等位基因一般指位于一对同源染色体的相同位置上控制着相对性状的一对基因。
它可能出现在染色体某特定位置上的两个或多个基因中的一个。若一个染色体上的等位基因位置上的基因以两个以上的状态存在，便称为复等位基因。若成对的等位基因中两个成员完全相同，则该个体对此性状来说成为纯合子。
若两个等位基因各不相同，则该个体对该性状来说是杂合子。在杂合子配对中，显性等位基因使隐性等位基因的性状得不到表现。某些成对基因的两个成员为共显性的，即彼此间没有显性和隐性的关系。
例如人类的ABO血型系统:AB血型的人有一个等位基因决定A，一个等位基因决定B(既无A又无B等位基因的人的血型为O型)。参阅dominance及recessiveness。多数性状由两个以上的等位基因决定。
可存在着多样形式的等位基因，但减数分裂时只有两个等位基因附着于一定的基因位置上。有些性状由两个或多个基因位置决定。以上两种情况均使有关的等位基因数目增加。所有遗传性状均为等位基因相互作用的结果。
突变、交叉及环境条件选择性地改变种群内部的表现型(也就相当于其等位基因)的频率。
等位基因是指位于一对同源染色体的相同位置上控制着某一性状不同形态的一对基因，即显、隐性基因。等位基因可能出现在染色体某特定座位上的两个或多个基因中的一个。
若一个染色体上的等位基因座位上的基因以两个以上的状态存在，便称为复等位基因，如控制人类血型的基因就有三个【IA、IB、i】。
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